有機氮主要以蛋白質形式存在，還有尿素、胞壁酸、脂肪胺、尿酸和有機堿等含氨基和不含氨基的化合物，有些有機氮如果膠、甲殼質和季胺化合物等很難生物降解。生產這些有機氮或以這些有機氮為原料的工業排放的廢水中會含有這些有機氮。鋼鐵、煉油、化肥、無機化工、鐵合金、玻璃制造、肉類加工和飼料生產等行業排放含有氨氮的工業廢水，皮革、動物排瀉物等新鮮廢水中氨氮初始含量并不高，但由于廢水中有氮的脫氨基反應在廢水貯存或在排水管道中駐留一段時間后氨氮的濃度會迅速增加。對有機氮工業廢水處理可采用生物法解決，在微生物去除有機碳的同時，高級氧化通過生物同化及生物礦化作用將廢水中的有氮轉化為氨氮。氨氮廢水的處理方法有汽提、空氣吹脫、離子交換、活性炭吸附、生物硝化和反硝化等。